合伙企业作为一个比较特殊的法人主体，本身并不是所得税的纳税义务人，但是作为一个独立的法人主体，又与纳税义务息息相关。首先我们介绍一下合伙企业“先分后税”的纳税原则。
根据《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）
合伙企业的先分后税，指的是按照一定的比例分配合伙企业的应纳税所得额，应按照：合伙协议的约定、合伙人的协商决定、合伙人实缴比例、平均分配的顺序，确认应纳税所得额分配比例。作为合伙企业主体来说，本身不是所得税的纳税人，但是应按合伙人类型不同，自然人交纳个人所得税，法人及其他组织交纳企业所得税。
需要说明的是，即使合伙企业账面留存的利润没有作出实际分配，在实务层面，也会认定为视同分配，合伙人计算交纳所得。
（1）《财政部 国家税务总局关于印发《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》的通知》（财税〔2000〕91号）：
（2）国家税务总局关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》执行口径的通知（财税〔2001〕84号）：
综上两个文件，对于合伙企业收入类型的划分，需要区分经营所得和其他所得。
如果属于经营所得的分配，那么自然人股东按照“个体工商户的经营所得”计算应纳税所得额，法人股东正常计入“投资收益”，汇算企业所得税；如果属于其他所得中股息红利的分配，那么自然人股东按照“股息红利”计算应纳税所得额，法人股东依然计入“投资收益”，汇算企业所得税。
注意：此时法人股东取得的投资收益，不属于居民企业之间的投资，不能享受居民企业之间投资所得的企业所得税的免税政策。因为是间接架构，且合伙企业也不是居民企业！
由于合伙企业在所得税上属于税收透明体，企业的所得利润直接穿透计入合伙人收益，仅从纳税次数来讲，实现了节税。
再者，对于合伙企业的合伙人来说，根据投资的杠杆效应，实际投资人间接持股了实体公司，实现多层嵌套的架构控制，每层嵌套仅持股51%就可以实现控制权，可以投入较少的资金，实现股权的杠杆放大效应，实现最终的控制权。节约了投入资金。