一、政策缘起
关于土地增值税清算税金扣除问题，最早是在土地增值税暂行条例实施细则中做了规定：
第七条 条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为:
(五)与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
看着一条的意思，转让房地产缴纳的印花税是可以作为税金直接计算扣除的。
但《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）对房地产公司做了特别规定：
九、关于计算增值额时扣除已缴纳印花税的问题：细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已相应予以扣除。其他的土地增值税纳税义务人在计算土地增值税时允许扣除在转让时缴纳的印花税。
48号文明确规定房地产公司转让商品房时，印花税不得直接计算扣除，理由是已经列入了管理费用核算，在管理费用里扣过了，不能重复扣除。其他行业和其他类型房地产（如旧房）转让依然不受影响，在清算中可以直接扣除印花税。
二、印花税扣除再起波澜
2016年，财政部发布《增值税会计处理规定》（财会〔2016〕22号），其中有一个变化引人注目：
全面试行营业税改征增值税后，“营业税金及附加”科目名称调整为“税金及附加”科目，该科目核算企业经营活动发生的消费税、城市维护建设税、资源税、教育费附加及房产税、土地使用税、车船使用税、印花税等相关税费；利润表中的“营业税金及附加”项目调整为“税金及附加”项目。
这也就意味着，房地产企业印花税自此开始不再计入管理费用，而是直接计入“税金及附加”科目核算，于是有人对于土增清算中的印花税扣除也提出了新的看法，认为既然会计上已经做了改变，48号文中所说的所谓印花税已在管理费用中扣除的理由就不再能够站得住脚，那么印花税应该就可以在清算中直接计算扣除。
三、我们的观点
1、从逻辑上将，既然48号文所讲的基础已经不存在，那么印花税的直接扣除从溯源上的确扫清了障碍；
2、但道理上讲得通不代表实务中税务机关一定能够认可，因为1995年48号文并未废除，其中涉及到印花税的扣除条款依然有效，因此实务中各地税务机关基本上依然按照48号文在处理清算税金扣除事项，也就是说只有营改增前的营业税、城建、教育附加和地方教育附加几项可以直接计算扣除，印花税依然在实务中不能直接扣除；
3、这当然是一个不够完善的地方，也只能期待总局尽快能够出台新的政策更迭48号文相关条款，虽然只是一个小小的印花税，但对企业来讲总是有利，而且对于税法的严密性和逻辑性也有更好的帮助。